Desarrollo de herramientas fáciles de usar para análisis estadísticos avanzados de datos de cáncer de secuenciación de ARN
Desarrollo de herramientas fáciles de usar para análisis estadísticos avanzados de datos de cáncer de secuenciación de ARN
La secuenciación de ARN (RNA-seq) es una tecnología ampliamente utilizada que ha transformado el campo de la genómica, permitiendo a los investigadores obtener una comprensión más profunda de la expresión y regulación genética en diversos entornos biológicos. RNA-Seq se utiliza en diferentes contextos, como la cuantificación de los niveles de expresión de genes, la identificación de genes expresados hacia arriba y hacia abajo (Expresión diferencial de genes), anotación de las funciones de los genes (Ontología de genes) e implicaciones funcionales de los cambios en la expresión de genes (Vía funcional). Análisis). En biología del desarrollo, RNA-Seq se emplea para estudiar los cambios en la expresión genética durante el desarrollo, lo que ayuda a los investigadores a comprender los mecanismos moleculares que subyacen a la diferenciación de tejidos.
El costo cada vez menor de las tecnologías RNA-Seq durante la última década y su creciente poder y confiabilidad han dado como resultado un marcado aumento en la cantidad de conjuntos de datos RNA-Seq en todo el mundo.
Para realizar análisis rigurosos de los datos de RNA-Seq, durante los últimos años se han desarrollado algoritmos computacionales y programas bioinformáticos que incluyen algoritmos de agrupamiento para redes reguladoras y de expresión de genes, métodos de reducción de dimensionalidad, análisis de componentes principales (PCA) y técnicas de inteligencia artificial como la supervisión. Técnicas de clasificación y aprendizaje automático.
El apoyo a los datos abiertos por parte de agencias de financiación y revistas científicas aumentó la disponibilidad de conjuntos de datos. Esto ha proporcionado a la comunidad científica un vasto depósito de conjuntos de datos de RNA-Seq procedentes de muestras de pacientes de una variedad de enfermedades y tejidos, modelos animales y líneas celulares. Estos conjuntos de datos pueden ser explorados y analizados por investigadores y requieren la participación de bioinformáticos y bioestadísticos.
Las aplicaciones fáciles de usar para los análisis RNA-Seq son bienvenidas para los investigadores biomédicos con experiencia limitada en bioinformática, bioestadística y programación.
El objetivo del presente proyecto es desarrollar una herramienta (fácil de usar) que permita a médicos y biólogos realizar genes expresados diferencialmente, ontología genética, señalización de vías y análisis estadísticos avanzados con un enfoque en enfermedades cancerosas.
El candidato a doctorado deberá tener buenas habilidades en programación informática, estadística y bioinformática.
Procedimiento de registro
- Expediente de solicitud: Curriculum vitae, carta de presentación, proyecto de fin de estudios, diplomas y expedientes académicos
- Entrevista
Expediente a enviar a a.marfak@ueuromed.org antes del 9 de noviembre de 2023