Las actividades de investigación se llevan a cabo dentro del Centro de Investigación de la UEMF. La organización interna de este centro incluye tres unidades de Ingeniería, Ciencias Humanas y Sociales y Biomédica-Biotecnología.
Los equipos de investigación están acreditados por la Universidad y reúnen cada uno de ellos a más de dos docentes-investigadores. El Centro cuenta con plataformas tecnológicas dotadas de equipamiento científico y tecnológico de muy alto nivel accesibles a toda la comunidad científica del Centro. El Centro tiene un director, un comité directivo y un consejo científico.
Las actividades de investigación se llevan a cabo sobre temas prioritarios que satisfacen las necesidades de la estrategia de investigación e innovación de la UEMF. El personal investigador, que incluye estudiantes de doctorado, estudiantes de posdoctorado, profesores-investigadores, ingenieros y técnicos, debe cumplir con el plan de trabajo aprobado por los órganos de gobierno de la Universidad en cuanto a las áreas prioritarias de la UEMF y en estricto cumplimiento de la ética de la UEMF. carta y las normas vigentes relativas al uso de animales o incluso a experimentos con humanos.
Se anima al personal de investigación de la Universidad a buscar otras fuentes de financiación estableciendo vínculos con el mundo socioeconómico e industrial y participando en programas de financiación nacionales e internacionales. La UEMF establece bonificaciones de incentivo en este tema para recompensar a los profesores-investigadores más activos. Un investigador de la UEMF que obtiene un proyecto de investigación financiado por fuentes externas a la Universidad es él mismo quien autoriza los gastos relacionados con su proyecto de investigación. Los investigadores podrán incluir en el presupuesto del proyecto de investigación presentado a los organismos concedentes bonificaciones personales aprobadas por dicho organismo concedente y por la UEMF. La Universidad también puede conceder bonificaciones de investigación a los profesores-investigadores más meritorios y, en particular, a aquellos que publiquen los resultados de sus trabajos de investigación en revistas internacionales de prestigio y con un factor de impacto muy alto como NATURE y SCIENCE.